Libro I. El destino de Eneas es fundar una segunda Troya en el Lacio itálico, pero el odio de la diosa Juno se interpone y, valiéndose de Neptuno, dios del mar, arroja la flota de Eneas a Cartago. Allí es acogido por la reina Dido, que dirigía la construcción de la ciudad. Fiesta y banquete en honor de Eneas y de sus compañeros. Venus introduce a Cupido, dios del amor, para que prenda su llama en el corazón de la reina. Esta se dispone a escuchar, de labios del héroe, el relato de la destrucción de Troya.

Libro II. Eneas narra emocionado la última noche de Troya y sus diversas aventuras. Al simular los griegos su retirada, ofrecen a Minerva un caballo de madera, en cuyo vientre se esconde un puñado de jóvenes griegos. Tras diversas intervenciones de héroes troyanos, en favor y en contra de introducir el caballo en la ciudad, el artefacto se lleva al centro de Troya y durante la noche salen los guerreros, que en combinación con la flota cercana asaltan la ciudad y se apoderan de ella. Escenas de violencia y horror. Héctor se aparece en sueños a Eneas y le aconseja huir llevándose los dioses Penates de la ciudad. Eneas, acompañado de su anciano padre, Anquises, su hijo Ascanio y una multitud de troyanos fugitivos, se encamina al monte cercano, el Ida, dispuesto a cumplir su destino de llegar a Hesperia y fundar una segunda Troya.

Libro III. Al pie del Ida, Eneas construye una flota y se encamina a Tracia. Al no ser éste el lugar de su destino, Apolo le ordena encaminarse a Creta. Una peste les obliga a huir de este lugar vagando por diversos sitios hasta llegar a Drépani, donde muere Anquises. Desde aquí, ya a las puertas de Italia, la tempestad los arroja a África (a Cartago).

Libro IV. Eneas excita, sin proponérselo, el amor apasionado de Dido. Ana, hermana de la reina, enciende todavía más dicha pasión, pese a que la reina había jurado fidelidad inquebrantable a su primer esposo, Siqueo. Juno, enemiga de los enéadas, junto con Venus hace que la reina organice una cacería en el transcurso de la cual tiene lugar una tormenta que obliga a refugiarse en una cueva a Dido y a Eneas. La Fama se encarga de pregonar lo que allí pasó.

Libro V. Llegan a Sicilia, a la ciudad donde reina Acestes, hijo de una troyana. Aniversario de la muerte de Anquises: juegos fúnebres en su honor. Las mujeres troyanas, cansadas de todo, incendian la flota por instigación de Juno, pero se salva por una lluvia providencial. Diversos acontecimientos hasta que Venus consigue de Neptuno una feliz travesía, exigiendo una sola víctima, el piloto Palinuro. Eneas le suple y la flota se acerca a Italia.

Libro VI. La flota llega a Cumas. En el templo de Apolo Eneas consulta a la Sibila. Esta le acompañará a Los Infiernos, donde Anquises mostrará a su hijo el Campo de los Llantos, morada de las almas que no cumplieron su misión en la tierra, el Tártaro, o lugar para los condenados, y los Campos Elíseos, donde las almas esperan para volver a reencarnarse. Anquises le va mostrando el futuro y, finalmente, Enes sale con la Sibila por la puerta de marfil de los sueños, fortalecido plenamente en su destino. Conduce su flota a Gaeta.

Libro VII. Allí entierra a su nodriza y, costeando, llega a las bocas del Tíber. Latino reina en aquellos parajes con su esposa Amata y su hija Lavinia, a la que pretende en matrimonio Turno, rey de los rútulos. Diversos presagios habían predicho que el yerno sería extranjero. Eneas envía una embajada al rey y es bien recibido e incluso le promete a su hija en matrimonio. Juno, una vez más, decide tomar partido y se produce un levantamiento de los pastores capitaneado por Turno.

Libro VIII. Eneas, advertido por el dios del Tíber, remonta su corriente y se dirige hacia la ciudad de Palantea, lugar de la futura Roma, donde reina Evandro, que lo recibe hospitalariamente y renuevan ambos una antigua alianza. Los etruscos deciden, finalmente, ayudarle en su guerra contra Turno. Venus entrega a su hijo una armadura forjada por Vulcano y los Cíclopes. En el escudo está grabada la historia futura de Roma.

Libro IX. Juno, por medio de su mensajera Iris, se dirige a Turno para que ataque el campamento troyano, del que está ausente Eneas. Éstos no dan la cara y Turno se dirige hacia la flota de Eneas para incendiarla. Cibeles la protege y convierte los barcos en ninfas. Turno vuelve a atacar el campamento y dos jóvenes, Niso y Euríalo, deciden salir para avisar a su jefe, pero son descubiertos y muertos, no sin antes haber causado una gran mortandad entre los enemigos, que se encontraban dormidos y ebrios. Al final se llega a trabar combate hasta que Turno se ve obligado a escapar cruzando el Tíber.

Libro X. Consejo de los dioses. Júpiter solicita que no se opongan al establecimiento de los troyanos. Disputa entre Venus y Juno. Eneas vuelve con nueva flota y las ninfas (antiguas naves) le informan de la situación militar. Varios episodios bélicos. Juno aleja a Turno del combate haciéndole perseguir un fantasma que representa a Eneas.

Libro XI. Tregua de doce días para enterrar a los muertos. Latino propone un acuerdo con Eneas y ratifica el compromiso con su hija Lavinia. Turno se declara sólo por la guerra. Combate de latinos y de etruscos, aliados de los troyanos. Turno se dirige hacia Laurente, seguido de cerca por Eneas. Los dos ejércitos acampan al pie de la ciudad.

Libro XII. Turno consiente por fin en aceptar un combate singular con Eneas. Nuevo pacto entre Latino y Eneas. Turno excita a los rútulos y terminan combatiendo ambos ejércitos: Latino huye y Eneas es herido al intentar poner calma. Curado por Venus regresa a buscar a Turno. Duelo personal. Júpiter persuade a Juno de que no se oponga al destino de Turno y fija las condiciones de unión entre troyanos y latinos. Turno, desfallecido, muere a manos del vencedor Eneas.